在组织方面，根据罗明纳兹的提议，通过了《政治纪律决议案》，在组织上实行惩办主义政策。比如对张国焘的处分，早在八七会议时，除了正式撤销陈独秀的总书记职务外，张国焘因曾奉行陈独秀的政策也被当作应承担大革命失败责任的领导人，被排除在中央政治局委员之外，改任候补委员。
当初张国焘阻止南昌暴动是奉命而为，暴动失败后他跟随起义军一起行动，于10月中旬返回上海，此次会议则以“假传圣旨”的罪名，开除其政治局候补委员、中央执行委员会委员的资格，指出：
“张国焘受中常会之委托，指导南昌暴动，可是至九江后，即不执行命令，甚至反对暴动。南昌暴动后，主张联络张发奎，反对一切没收土地的政纲，由于他如此违反中央政策的结果，使全体同志受到很大影响，革命委员会亦随之动摇。”
除张国焘外，南昌起义和秋收起义其他领导人同样受到严厉的政治纪律处分。与此同时，瞿秋白在党刊上发表了《中国革命是什么样的革命》、《武装暴动的问题》、《中国革命中的无产阶级的新策略》等文章，宣传“不断革命”的主张。