在史学方面，由于受汉族史学和藏传佛教的影响，大约从16世纪下半叶开始，蒙古族的史学家编纂了一批重要的史学著作。明廷则在洪武年间组织蒙、汉、回族学者，将元太宗时期成书的《蒙古秘史》（蒙古语称为《忙豁仑·纽察·脱卜察安》）译成汉文，称作《元朝秘史》，并用汉字逐字音译出来，使这部名著得以完整地保存下来。
在医药方面，蒙古族有传统的医学，但较之汉族医学则大为落后。明初由于战乱，蒙古医药短缺，不得不从明朝求取医药。后来，蒙古人通过互市，从内地购买药物。蒙古封建主则利用向明朝朝贡的机会求取医药。永乐五年（1407年），“北虏阿鲁台遣回民哈费思来朝，且奏求药。命太医院使如奏赐之”[94]。蒙古有时还要求派医生前往治病。景泰元年（1450年），明朝曾派“医士”曾辉、罗显祖去瓦剌“公干”，给蒙古族人治病。成化年间，“迤北虏酋孛来以其知院苦塞患病，遣人舁至边，乞医调治。上命太医院遣医士往疗之。”[95]而一些移居蒙古的汉人，也带去医药知识，如白莲教徒“周元治扁仓术”[96]。蒙古人患痘疮，“调护则付之汉人”[97]。俺答封贡以后，明廷更是“每赐之医药”[98]，内地医生进入蒙古的也越来越多。嘉靖三十三年（1554年），俺答“方病在两腿，患甚”，赵全毛遂自荐，“言我善治，惜无药”，俺答派他“匿应州城中，买乳香、地黄、良姜诸药材”，带回蒙古为其治病。[99]此外，史载王廷辅也曾给贺彦英治“心病”。万历十二年（1584年），宣大山西总督郑洛派一名姓郭的医官，到归化城为第二代顺义王黄台吉治过病。[100]同时，蒙古族中医术很高的扎失列来到北京行医，得到汉族人民的赞扬。他还培养徒弟，将自己的医术传授给徒弟惠岩。[101]北京双寺胡同内的广济寺立有记载扎失列在北京行医事迹的石碑。