以波斯军的角度来看，对战双方摆开后的阵形如同两条长蛇，军阵的左侧紧挨着泥泞的小沼池地区，而右侧则被卡拉德拉河所阻挡，即便在实际战斗中希腊军队不可能故意贴近小沼池或卡拉德拉河南岸行进，两军之间的机动空间也已经极为狭窄。另外，这个战场的地形还相当复杂，除了中间有少量平坦的地区，四周全都起伏不定，波斯骑兵在这样的环境里行进，希腊步兵的身影甚至会时隐时现。这样一来，骑兵的作用已经被抵消掉大半。
除了地形限制，还有另一个严重的问题：波斯军队的骑兵数量处于严重不足的状态。
在希腊的亚历山大大帝东征时期，迎战希腊大军的波斯军队中骑兵会占据相当大的比例，但在马拉松战役爆发时，参战的波斯骑兵数量很少。虽然各种文献资料对马拉松战役里波斯军队的兵力构成莫衷一是，但大体估算一下，波斯军队应在2.6万人左右，这还未计算被波斯陆军统帅阿尔塔费尼斯带去攻打埃雷特里亚城的另一路兵力，而这里边只有1000人是骑兵。